O sistema de farmácia é utilizado para gerenciar e movimentar o estoque de entradas, saídas, transferências e doações, ainda é possível realizar licitações, solicitações de comprar para a prefeitura, e controle de disponibilidade de medicamentos em estoque e também de saldo de fornecedores. O sistema é totalmente integrado ao novo WebService do Hórus, e possui a funcionalidade de medicação em casa. As entradas podem ser realizadas por nota fiscal ou arquivos XML, e as saídas podem utilizar o leitor de código de barras para facilitar a dispensação